『農業全書』（1696）や本草図譜（1828）に西瓜の記述があり、天保年間の絵馬には西瓜の切り売りの様子が描かれていますが、無地皮になっています。
江戸時代には果肉が赤いのは気味が悪いとされ、あまり食べられなかったものの、明治末期に西洋種（アイスクリーム種）がアメリカから導入されて改良が進み、本格的な西瓜栽培が始まりました。
昭和初期になると、奈良中心の大和西瓜と関東地方中心の都西瓜の二大品種郡が形成され、いわゆるシマシマ西瓜が出てきました。
現在の品種はほとんどが二大品種の血筋です。
京都大学の木原均先生が種子を作り、1951年に種なし西瓜が登場しましたが、生産面での欠点があったりしていつのまにか消えていってしまいました。
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